公司設立前，往往會由全體投資人共同簽訂股東投資協議，協議中既有調整公司設立完成之前的事項，同時又有調整公司成立后股東之間、公司與股東之間的權利義務關系，以及公司治理結構的內容。

但是實踐中，其中的許多內容并未被納入之后所訂立的公司章程之中。況且，有時股東投資協議中確實存在某些不便載入公司章程的約定內容。此外，往往還由于工商行政管理部門要求按照其統一制定的樣本格式起草公司章程的原因，造成許多股東間特別約定的協議內容無法被載入公司章程之中。因此，司法審判中存在許多因兩者之間沖突而引起糾紛的案例。

案例一：江蘇拓牛資產管理有限公司與劉桔、尹勇與公司有關的糾紛二審民事判決書

2016年1月25日，劉桔、尹勇與陳安虎、葛雷簽訂《合資協議》一份，對各方共同投資設立拓牛公司達成協議。其中，尹勇、劉桔以量化對沖技術出資，該量化對沖技術作價500萬元，歸入公司資產。根據公司章程的股東名冊記載，股東均為貨幣出資。后劉桔、尹勇與拓牛公司之間關于劉桔、尹勇是以技術出資還是貨幣出資產生糾紛。

法院判決認為，《合資協議》是拓牛公司發起人為設立公司簽訂的設立協議，公司章程通常是在設立協議的基礎上根據法律的規定制成，在沒有爭議和符合《公司法》的前提下，設立協議的基本內容通常都為公司章程所吸收，一般不會發生二者間的矛盾和沖突?！逗腺Y協議》在合資說明中約定，劉桔、尹勇以量化對沖技術作價500萬元歸入公司資產，由其他各方按各自股權比例現金支付給劉桔、尹勇，劉桔、尹勇以此款項繳納出資款，說明拓牛公司發起人在設立公司之初，就已明確劉桔、尹勇對公司是以貨幣出資，此約定與公司章程一致。退一步說，即使對于相同的事項，設立協議與公司章程有不同的規定，甚至產生沖突時，設立協議應讓位于公司章程。

案例二：郭曉濤、南京德樂科技有限公司股東出資糾紛再審審查與審判監督民事裁定書

合酷勝公司四個股東簽訂《投資協議書》，對各方共同投資設立合酷勝公司達成協議，約定各方投資方應于2016年1月20日前完成全部出資。該《投資協議書》第十六條第3款還約定“本協議與合作公司章程及其他工商登記文件、內部決議文件等有沖突的以本協議內容為準”。合酷升公司公司章程約定的出資時間為2064年12月30日。后就合酷勝公司股東郭曉濤出資時間是否逾期，是否應承擔違約責任產生糾紛。

法院判決認為合酷勝公司的各方股東所確定《投資協議書》系當事人真實意思表示，對各方當事人均具有法律約束力。根據《投資協議書》的約定，郭曉濤應于2016年1月20日前履行全部出資義務。雖然此后《廣州合酷勝通信科技有限公司公司章程》有出資時間為2064年12月30日的條款，但該條款與上述《投資協議書》約定的出資時間沖突，應當以《投資協議書》確定的出資時間為準。

實務總結：

1、股東為設立公司而簽訂的投資協議書在不與公司章程沖突，也未違反法律強制性規定的情形下，股東投資協議實際承擔了公司章程之外的規則性協議的功能。在公司完成工商登記設立后，由全體投資人所共同參與訂立的股東投資協議對各締約投資股東仍具有法律效力。

2、雖然公司法沒有規定，但是在投資協議書與公司章程沖突的情形下，法院一般會判決以公司章程為準，同時，因投資協議書為股東所簽訂，本質為合同，無法像公司章程一樣對外具有公示效力，因此該投資協議如果涉及到未簽訂該協議的其他股東或者公司債權人的合法權利，也應當以公司章程為準。建議股東可根據投資協議書修改公司章程，將投資協議書的條款“公示化”以消除兩者沖突的情形。

3、如果投資協議書有約定協議與公司章程及其他工商登記文件、內部決議文件等有沖突的，以協議內容為準的條款，在協議書不違反法律強制性規定的情況下，法院有可能判決以協議為準。